En 1998, siendo rector el Presbítero Hernán Bustos Cruz (1998 a 2004) se hicieron cambios en el plan de estudios, en los proyectos pedagógicos y en el modelo de evaluación cuyo objeto de reflexión se centró en las Competencias Básicas para el aprendizaje. Es de destacar la adecuación de la planta física especialmente en el área de tecnología.